「消した覚えがないのにアプリがiPhoneからなくなった…」というと怪現象のように聞こえますが、誤操作によって消してしまうことはありえます。また、ロックが解除された状態でポケットに入れていたりすると、予想外の動作をすることがあるので、アプリが削除されてしまってもおかしくありません。
あまり頻繁にアプリの削除をするのでなければ、こういった事故を防ぐために、そもそも簡単にアプリを削除できないように設定してしまうのも1つの手段でしょう。
「設定」アプリの［一般］→［機能制限］と進み、機能制限用のパスコード関連の操作をすると、iPhoneの機能を制限できるようになります。ここで、［Appの削除］を無効にしておけば、再度有効にしない限り、アプリを削除できなくなります。
※iOS12では「設定」アプリ→［スクリーンタイム］→［コンテンツとプライバシーの制限］→［iTunesおよびApp Storeでの購入］→［Appの削除］になっています。
このように、設定前と設定後を見比べると、アプリの削除のための［×］マークが出なくなっています。
機能制限は主としてペアレンタルコントロールのためにある機能ですが、ものは使いようだということですね。もちろん本来の使い方らしく、家族共用で使うiPadなどに設定して、子どもが間違ってアプリを消さないようにといった運用もあります。ぜひご活用ください。