iCloud Driveの設定で[“デスクトップ”フォルダと“書類”フォルダ]にチェックを入れると、デスクトップと[書類]フォルダ内のデータがiCloudに保存されます。デスクトップと[書類]フォルダ内には以前と変わらずファイルが存在するように見えますが、実際は保存場所がMacのローカルストレージからiCloudへ移動しているわけです。
そのため[“デスクトップ”フォルダと“書類”フォルダ]のチェックを外すと、デスクトップと[書類]フォルダにファイルが表示されなくなりますが、「消えてしまった…」と焦る必要はありません。ファイルは削除されたわけではなくiCloud上に保存されているので、Finderのサイドバー[iCloud Drive]からアクセスすることが可能です。

