ここでは内蔵ストレージを初期化して、OS Xエルキャピタンを新規インストールする「クリーンインストール」の方法について解説します。いったんMacをまっさらにするため予期せぬ不具合を回避することができます。
ただし、手順は若干複雑です。まず、タイムマシンなどで現在の環境を完全にバックアップします。ストレージのバックアップ方法は93ページにて解説していますので、そちらを参考にしてください。そして、いったんエルキャピタンにアップグレードします。これで復旧パーティションがエルキャピタン仕様になるので、［コマンド］キー＋［R］キーを押しながら起動し、「OS Xユーティリティ」の「ディスクユーティリティ」で内蔵ストレージを初期化します。このあとでエルキャピタンをインストールすることで新規インストールとなります。新規インストールしたエルキャピタンの動作に問題がないことを確認できたら、移行アシスタントを使って環境を移行しましょう（詳しくは「El Capitanのインストール? 作業環境の移行」）。
OS Xのクリーンインストール
? OS Xユーティリティを起動
いったんエルキャピタンにアップグレードしてから、［コマンド］キー＋［R］キーを押しながらMacを起動します。
? ディスクユーティリティを起動
「OS Xユーティリティ」が起動するので［ディスクユーティリティ］クリックして［続ける］をクリック。
? ボリュームを指定
「Macintosh HD」など、OSの入ったボリュームを左の一覧画面から選択して、ツールバーの［消去］ボタンをクリックします。
? ボリュームを初期化
確認ダイアログが表示されます。［実行］ボタンをクリックすると初期化が行われます。データがすべて消えるので必ず事前にバックアップしてください。
? インストーラを起動
ディスクユーティリティを終了するとOS Xユーティリティに戻るので、［OS Xを再インストール］を選択して［続ける］ボタンをクリックします。
? 使用許諾に同意
次にソフトウェアの使用許諾契約の条項が出てきますので、［同意する］をクリック。
? ボリュームを表示
［すべてのディスクを表示］ボタンをクリックすると、接続されているボリューム一覧が表示されますので、初期化したボリュームを選びます。
? Macアップストアにサインイン
Macアップストアへのサインインを求められるのでアップルIDを入力します。これ以降のインストール手順はアップグレードインストールと同様です。